初期データを投入する際に、 mysqldumpで出力した際に作られるようなSQLの形式になっている場合は、 mysqlクライアントで実行することでロードすることができました。しかし、 外部で用意されているデータはTSVやCSVといったデータで渡されることもあります。

The timeout error occured when load csv file into table, the file size is only 800MB with 7.8 million lines mysql> load data local infile '/tmp/push.csv' into table ...